MTs Ma’arif Al-bajuri berdiri tahun 1976, proses berdirinya MTs Ma’arif Al-Bajuri ini sesungguhnya sebuah peralihan dari Pondok-Pesantren Ulfatul Muta’alim yang telah ada sejak tahun + akhir 1900 an. Se-era dengan Pondok Gontor pada masa Trimurti yang telah melahirkan Kyai-kyai besar salah satunya Kyai Ihsan menantu K. Bajuri yang mendirikan pondok Pethuk, Mojo, Kediri yang dalam perkembangannya menjadi tiga pondok besar yaitu Pondok-Pesantren Salaf Al-Ihsan Putra, Pondok-Pesantren Khafidhoh Al-Ihsan Putri serta pondok-pesantren Khusus Fiqih Al-ihsan yang masih satu keturunan Kyai bajuri di Pethuk Kediri. Sementara di Pondok-Pesantren Ulfatul Muta’alim pada tahun 1970an di ubah menjadi RA Wardatul Atfal, MI Muallafah, dan MTs Ma’arif Al-Bajuri, nama Al-Bajuri ini diambil dari pengasuh Pondok-Pesantren Ulfatul Muta’alim Klaten Gegeran Sukorejo Ponorogo yaitu Almarhum Kyai Bajuri.
Dalam awal perkembangan MTs Ma’arif Al-Bajuri masih ada pemodokan dan proses belajar mengajar di madrasah sore dari setingkat RA, MI,dan MTs yang juga termasuk dalam agenda kegiatan MTs Ma’arif Al-Bajuri, namun karena lebih memfokuskan pada kegiatan belajar mengajar RA, MI,dan MTs pagi perhatian ke madrasah sore berkurang. Namun paling tidak MTs tersebut masih eksis sampai sekarang. Pada tahun 1995 MTs Ma’arif Al-Bajuri statusnya dari swasta meningkat menjadi swasta terakreditasi. Pada tahun 1995 ini mendapat tawaran dari DEPAG untuk menjadi madrasah negeri namun di tolak sebab memang pihak yayasan MTs Ma’arif Al-Bajuri tidak mengizinkan untuk dinegerikan, sebab jika berubah negeri komplek madrasah harus dipindah yang berarti meninggalkan persoalan sejarah dan akses jariyah yang sejak awal tertanam. Pada tahun 2005 yayasan berubah ketika semula adalah Al-Islah yang kebetulan juga yayasan yang menaungi beberapa madrasah seperti MTs Al-Bajuri, MTs Pulosari, SLTP Semanding Kauman, MTs-MA Al-Azhar telah bergabung dengan yayasan Maarif maka sejak saat itu, MTs Al-Bajuri berada dibawah naungan yayasan Ma’arif.
Selain tersebut kegiatan pembelajaran kitab-kitab klasik (kitab kuning) masih terus berlangsung pada sore hari dan setelah magrib di mushola madrasah, serta di masjid besar Klaten, dusun wilayah domisili MTs Ma’arif Al-Bajuri berada. Yang sebenarnya juga termasuk bagian dari perkembangan pendidikan dari embrio yang sama yaitu pondok-pesantren Ulfatul Muta’alim.
Hingga sekarang MTs Ma’arif Al-Bajuri masih bertahan sebab didukung pula oleh masyarakat dan tokoh-tokoh masyarakat setempat dan tentunya oleh keluarga besar keturunan Kyai bajuri. namun demikian kondisi yang sekarang menunjukkan bahwa MTs Ma’arif Al-Bajuri mulai rapuh yang tentunya memerlukan penyegaran dan aliran semangat revolusi konstruktif agar MTs Ma’arif Al-Bajuri dapat bukan hanya bertahan namun dapat berkembang lebih besar seperti pondok-pesantren Ulfatul Muta’alim dimasa yang lalu.